在3×01《And the Rise of Chaos》中，古埃及的混亂之神阿佩普侵入一具人類軀體，發誓要讓世界陷入純粹的邪惡，
正邪之間的終極決戰就此開始（在第三部《圖書館員》電視電影中，Judson曾警告Flynn這場戰鬥終會到來）。
為了阻止他，圖書館員必須在一座科學博物館中尋找一系列線索——包括一個突然獲得生命的人體模特發出的神秘警告。
Vanessa Williams本季扮演多集角色Cynthia Rockwell將軍，在政府絕密部門「異常現象統計調查部」
（D.O.S.A.，The Department of Statistical Anomalies）中擔任黑色行動項目的負責人。她強悍、聰明，
專門調查「在統計學上不規則的現象」。她發誓要逮捕圖書館員，控制所有館藏魔法物品並用於軍事目的。
這個所謂的「異常現象統計調查部」是第三季的主要反派勢力，他們將圖書館員視為「魔法恐怖分子」。
Sean Astin本季扮演復仇心重的魔術師Kirby Goulding，在一個神秘的旅行馬戲團裡表演。他對自己的技藝越來越感到失望……
直到他因為某種原因找到了真實魔法的力量。他用魔法尋找自己童年最喜歡的女孩Charlotte Halloway（Felicia Day）。
圖書館員很快發現，這個馬戲團收藏了許多危險的魔法物品。
