在SSF中，农业工业底物被认为是酶生产的最佳原料。

与SSF相比，通过SmF生产酶的花费高。

大约所有已知的微生物酶都是通过该过程产生的。根据研究，在纤维素酶，脂肪酶，蛋白酶，葡糖淀粉酶，淀粉酶，木质素酶，木聚糖酶，果胶酶和过氧化物酶等具有重要工业意义的酶生产方面已经进行了大量工作。

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由该过程产生了嗜热地衣芽孢杆菌的热稳定酶木聚糖酶。该过程产生的酶比SmF过程更热稳定。在SSF系统中，它比SmF系统高22倍。

从开放的木聚糖琼脂板上提取的细菌菌株的特征是从这两个过程（淹没和SSF发酵）中从短小芽孢杆菌产生的木聚糖酶。寡米根霉被用于从米糠中产生酸性蛋白酶，并且在其生产过程中在SSF中没有产生毒素作用。